无尘车间分洁净区、准洁净区和辅助区三部分。无尘车间的平面布置有外廊环绕式：外廊可以有窗和无窗，参观和放置一些设备用，有的在外廊内设值班采暖。外窗一定要双层密封窗。 内廊式：无尘车间设在外围，而走廊设在里面，这种走廊的洁净度一般比较高，甚至和无尘车间同级。 两端式：洁净区设在一边，另一边设准洁净和辅助用房。 核心式：目的节约用地、缩短管线，设定洁净区为核心，四周被各种辅助用房和隐蔽管道的空间合围起来，这种方式避开室外气候对洁净区的影响，减少了冷热能耗，便于节能。

不同的无尘车间在选择室内装修材料时要考虑各自的需求：1、无尘车间要频繁擦拭，除了用水擦拭还有消毒水、酒精、其它溶剂等擦拭，这些液体都具有化学品性，会使一些材料表面变色、脱落，这里就要求装修材料上面有一定的耐化学品性。2、例如手术室为了杀菌，一般会安装三氧O3发生器，O3(臭氧)强氧化气体，加速环境中物体特别是金属的氧化锈蚀，还会使一般涂层表面由于氧化而褪色，变色，所以这种无尘车间要求其装修材料有很好的耐氧化性，不会产生锈锈迹。

无尘车间的设计要合理布置工艺流程和建筑平面 ，选择满足无尘车间特点的建筑构造和材料，无尘车间设计应一根据当地能源供应背景，选定可靠和经济的冷、热源，划分和布置空调净化和排风系统，选择合理的空气净化通风设备，不管是新建还是改造的无尘车间，要严格按照国家相关标准和规范进操作。